土司制度到明末清初已不适应社会的发展。当西南少数民族地区从劳役地租向实物地租过渡时，世袭土司仍强迫人民无偿服役。土司中又一再发生侵吞其他地区土地，甚至公开武装叛乱的事件。清廷采纳云贵总督鄂尔泰疏议，在西南掀起大规模“改土归流”高潮，改土官为流官，革除土司制，建立州县制。“改土归流”的政策，在云南和贵州取得很大成效，但在四川当时却只实行于与云、贵接壤的少数民族地区。在川西藏区，则发生了大小金川事件。

　　乾隆初，大金川土司莎罗奔夺取小金川泽旺印信，“意欲并吞诸蕃”，又攻明正土司（今康定）。1747年，清军3万人分两路进讨，久而无功，川陕总督张广泗被清廷处死，改派岳钟琪为总兵，刻期进讨。1749年，莎罗奔请降，大金川事件初告平息。

　　以后，大小金川之间常有冲突。到60年代，金川局势再度紧张，又一次引起清王朝的关注。1766年，清廷派四川总督阿尔泰联合9家土司会攻大金川，小金川土司僧格桑（泽旺子）却与大金川土司索诺木（莎罗奔侄孙）联合反清。1771年清军败绩，清廷又将阿尔泰革职，派温福入川督师，向金川进兵，第二次金川之役由此开始。1773年，温福战死，清廷又派阿桂为将军，增兵金川。经多次血战，清军死伤众多，终于于1776年初取胜。历时五年、死伤逾万人、耗银7000万两的第二次金川之役至此结束。战后，清朝在大小金川分置阿尔古、美诺两直隶厅。