元王朝的建立
1260年三月，忽必烈受到东道诸王塔察儿、西道诸王合丹等的拥立，在开平召集忽里台，即大汗位，建元中统。同时任用汉族士人建立了中书省、十路宣抚司等政务行政机构，巩固了在中原地区的统治地位。
阿里不哥也在漠北召开忽里台，称汗，据有漠北地区。驻军六盘山的蒙古军主帅浑都海、陕西的刘太平，以及四川蒙古军的一些将领，拥护阿里不哥为汗，企图以秦蜀之地响应。
忽必烈遣廉希宪为京兆等路宣抚使，杀刘太平和四川军中依附阿里不哥的将领。不久，诸王合丹、汪良臣等合军，击败浑都海和逾漠南下应援的阿蓝答儿，完全控制了关陇川蜀地区。
七月，忽必烈亲率大军去和林征阿里不哥。九月，阿里不哥败逃，追至吉利吉思。忽必烈命宗王移相哥统领一军留驻和林，以待阿里不哥。
1261年秋，阿里不哥率军袭击移相哥军，乘胜南下。忽必烈急忙率领张柔等七处汉军，并令董文炳率射手千人，塔察儿率军士万人从征。十一月，忽必烈军与阿里不哥战于昔木土脑儿(今蒙古苏赫巴托省南部)。诸王合丹等为右军；诸王塔察儿等将左军；诸王哈必赤将中军，合势进攻。塔察儿与合必赤分兵奋战，大破阿里不哥的斡亦剌军。阿里不哥后军阿速台复至，再战，两军各有伤亡。阿里不哥北撤，忽必烈也还军。
因忽必烈切断了汉地对漠北的物资供应，阿里不哥陷于窘境，便派阿鲁忽(察合台孙)前往主持察合台汗国政务。但阿鲁忽取得汗位后，拒绝向阿里不哥提供物资，并扣留其使者，于是阿里不哥举兵而击阿鲁忽，进驻阿力麻里，阿鲁忽西走撒马尔罕。
1264年(至元元年)，阿里不哥众叛亲离，走投无路，向忽必烈投降。
中原汉地成为忽必烈政权的重心，他依靠汉族士大夫，推行"汉法"，改革蒙古统治者对汉地的统治方式。1262年，山东行省大都督李檀趁忽必烈与阿里不哥争战之机，结宋为外援，占据济南，并企图策动华北各地诸侯响应。忽必烈调集重兵围攻济南，七月城破，李檀被杀。忽必烈因势利导，罢世侯，置牧守，分民、兵之治，废州郡官世袭，行迁转法。专制一方的世侯势力受到限制和削弱，加强了中央集权。1271年(至元八年)十一月，忽必烈诏告天下，正式建国号为"大元"。1272年二月，改中都为大都(今北京)，宣布大都为元朝的都城。
统一江南
北方政局稳定后，忽必烈决定采用南宋降将刘整建议，集中力量攻取南宋汉水中游南北岸两大军事重镇襄阳(今湖北襄樊市汉水南市区)、樊城(襄樊市汉水北市区)。从 1268年(至元五年)起，经过六年的围攻，终于在1273年正月破樊城，二月襄阳守帅吕文焕出降，撤除了南宋长江中游的屏障。
1274年六月，忽必烈命伯颜为统帅，分两路大军南进。左军由合答统率，以刘整为前锋，由淮西出师。右军由伯颜和阿术统领，九月，自襄阳出发，沿汉水入长江。同时，命董文炳自淮西正阳南逼安庆，以为呼应。十二月，元水师入长江，克宋江防要塞阳罗堡。宋汉鄂舟师统帅夏贵逃走，汉阳、鄂州宋军降。伯颜留阿里海牙经略荆湖，自领水陆大军顺流而东，以吕文焕为前锋。宋沿江诸帅多为吕氏旧部，皆不战而降。1275年二月，贾似道被迫督诸路精兵，抵拒元军。这时，他仍企图奉币称臣议和，被伯颜拒绝，只好在池州下游丁家洲勉强与元军会战。宋军因内部不和，一触即溃。同年秋，伯颜从建康(今江苏南京)分兵三道趋宋都临安(今浙江杭州)。伯颜和阿塔海由中道节制诸军，水陆并进。1276年(至元十三年)正月，元军会集临安城北，二月，宋幼帝赵昆上表降元，宋亡。1279年，元军全部占领四川，又迫灭南宋卫王于崖山(今广东新会县南海岛)，完成了全国的统一。元朝的统一，结束了自唐末藩镇割据以来国内南北对峙的分裂和战乱局面，促进了多民族统一国家的巩固和发展。
对外战争
灭宋后，忽必烈对邻近诸国发动了一系列战争。
对高丽的侵扰
1218年蒙古联合高丽击败侵入高丽的契丹叛部，双方结盟。后来蒙古向高丽肆意诛求，屡次兴兵入侵，激起高丽人民的强烈反抗，使蒙古未能达到灭亡高丽的目的。忽必烈即位后，高丽成为元朝的属国。元朝迫使高丽国王以子弟入质，强迫高丽纳贡，向高丽征兵。除派达鲁花赤进行监督外，并于1283年(至元二十年)在高丽置征东行省加强统治，也常派兵压境或入侵。为了避免高丽上层统治者反抗，蒙古统治者也采取笼络手段，封官赏赐或以皇女下嫁，1274年(至元十一年)忽必烈将皇女忽都鲁揭里迷失嫁高丽王。
对日本的战争
1274年(至元十一年)派忻都、洪茶丘率兵出征日本，因矢尽船毁而还。1281年(至元十八年)，又分两路进攻日本，由唆都率蒙古、汉军、高丽军从高丽东渡对马海峡，范文虎率新附军(元政府收编的南宋军队)从庆元(今浙江宁波)浮海北进。元军在日本鹰岛遇飓风，战船多坏，将卒溺死者众，又遭日军掩杀，几乎全军覆没。
对安南、占城的战争
1282年(至元十九年)派唆都出兵占城，遭占城军民反抗，1284年引兵还。同年，镇南王脱欢(忽必烈子)发兵侵安南(今越南北部)，命唆都从占城北上助战，南北夹攻。安南王撤离都城，其主力隐蔽在山林，避免与元军决战，待元军疲惫，又出而攻扰。五月，脱欢因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退军。唆都战死。1287年(至元二十四年)，脱欢再度出兵安南，但无进展，次年罢兵而还。
对缅国的战争
1277年(至元十四年)，云南行省派兵征缅，招降三百余寨，三千余户，后因炎暑还师。1283年(至元二十年)宗王相吾答儿再度率师攻缅，缅王遣使请和。1287年(至元二十四年)，缅王庶子废国王自立，内讧纷起，云南王率军乘机进至蒲甘，缅国无力反抗，纳贡降服。
对爪哇的战争
1292年(至元二十九年)，史弼、亦黑迷失、高兴等率军从泉州起航出侵爪哇(今印尼爪哇岛)。爪哇统治者降元，并请元军助讨其敌国葛郎，打败葛郎王以后复举兵拒元，元军力竭退师。
与北方诸王之战
忽必烈战胜阿里不哥以后，蒙古宗王的反抗并没有因而终止。在忽必烈统治时期，从西北到东北，蒙古诸王的战乱一直不断。直到武宗时才大体平服。
海都、昔里吉之乱
1269年(至元六年)，窝阔台后王海都、察合台后王八剌在塔剌思河畔召开大会，划分各自的势力范围，并联合反对元朝。1271年(至元八年)忽必烈命皇子北平王那木罕率诸王镇守阿力麻里。次年，海都援立八剌子笃哇为察合台汗，骚扰天山南北诸地。至元十二年(1275)正月，笃哇等以兵十二万进围哈剌火州达六月之久，畏兀儿亦都护纳女求和。忽必烈派右丞相安童辅佐那木罕同守北边。
1276年夏，随从那木罕北征的诸王昔里吉(蒙哥子)、明理铁木儿、药木忽儿(阿里不哥子)、脱黑帖木儿等发动叛乱，将那木罕、安童捕送海都处。但海都拒绝与昔里吉合兵。于是昔里吉等劫持宗王撤里蛮(蒙哥孙)，退据额尔齐斯河上，大掠吉利吉思五部，东犯和林。应昌弘吉刺部只儿斡带、六盘山霍虎起兵响应。忽必烈命灭宋主帅伯颜率南征军主力北征，伯颜、土土哈部在鄂尔浑河上大破昔里吉军，收复了和林。
1283年，从叛诸王归降忽必烈。
1284年(至元二十一年)牙忽都、土土哈等曾击败海都军，但海都仍有强大的势力。1285年，驻守西北的宗王阿只吉军被笃哇击败。忽必烈又命伯颜代阿只吉总领北边诸军镇守。
乃颜之乱
1287年(至元二十四年)四月，东北的宗王乃颜(成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤的后裔)与胜纳合儿、哈丹(合赤温后王)、失都儿(哈撤儿后王)、也不干(成吉思汗庶子阔列坚后王)等宗王起兵反元。五月，忽必烈亲率大军从上都出征。六月，忽必烈军与乃颜军大战，乃颜兵败被擒。1288年(至元二十五年)，铁穆耳、土土哈、李庭等进击哈丹在呼伦贝尔地区的据点，哈丹流窜辽东、辽西及高丽之间，1291年(至元二十八年)被最后击破。
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