上都军与大都军在居庸关、古北口一带展开激战。上都军虽然在大都城下屡次受挫,仍声势浩大。正当上都军全力南进时,在东北的东路蒙古元帅不花帖木儿(燕帖木儿之叔)与搠只哈撒儿后王齐王月鲁不花,在十月十三日乘虚进围上都,留守倒剌沙等出降。阿剌吉八被俘。上都的支持者失去首领,相继溃散瓦解。梁王王禅及倒剌沙、纽泽等均被处死。
两都之战刚结束,明宗、文宗兄弟间的争权斗争又起。天历二年(1329)正月,和世束在和林之北,即皇帝位,是为明宗,蒙古号忽都笃汗,立图帖睦尔为皇太子。五月,图帖睦尔自大都出发北上,迎明宗,镇南王帖木儿不花等随行。明宗南下,八月初,至上都附近的旺兀察都之地,图帖睦尔来见。几日后,明宗暴死。图帖睦尔在上都以皇太子复即皇帝位,是为文宗,蒙古号札牙笃汗。
文宗即位后,调动数省兵力,才平息了四川、云南等地的蒙古诸王叛乱。
在文宗统治时期,汉文化得到多方面的提倡。天历二年(1329)二月,文宗在大都建立奎章阁学士院,聚集人才,汉族的儒学在蒙古、色目人中进一步发扬。同年九月,又命翰林国史院与奎章阁学士院编纂《经世大典》。《经世大典》不仅保存了大量的元代典制纪录,成为明初纂修《元史》的依据,而且是文宗行"汉法"崇文治的一个标志。文宗在信用文臣的同时,又极力表示尊孔崇儒,以争取汉人文士的拥戴。
文宗初即位,以燕铁木儿为中书右丞相,封太平王。文宗复位,又因燕铁木儿"大有勋劳于王室",加封太师,追封三代,把持朝政。他的儿子唐其势扬言"天下本我家天下"。文宗受制于权相燕铁木儿,元朝国势日渐衰落。
1332年(至顺三年)八月,文宗在上都病死。九月,卜答失里后奉遗诏,立明宗次子,八不沙后所生的懿必质班作皇帝(宁宗)。宁宗年仅七岁,即位不满两月病死。
宁宗死后,燕铁木儿请立文宗幼子燕帖古思。卜答失里后不允,遣使自广西迎回妥欢贴睦尔。燕铁木儿仍持异议,迁延数月不决。不久,燕铁木儿病死。1333年(至顺四年)六月,卜答失里后立妥欢贴睦尔为帝,是为惠宗,即顺帝,蒙古号兀哈笃汗。
元朝的灭亡
元朝末年,吏治腐败,财政破产,军备废弛。蒙古贵族伯颜独秉国政,任中书右丞相,被封为秦王,总领蒙古、钦察、斡罗思诸卫军都指挥使。任命的官员多向伯颜行贿,台宪官也都议价得官。伯颜一次所受赐田多达五千顷。大批蒙古贵族、官僚通过受赐、占夺等方式转化为大土地所有者。汉族地主也大肆兼并土地,广大农民破产流亡。
在元朝历代宰相中,伯颜权势之显赫,是少有的。他排斥蒙古诸王,仇视汉人,扬言要杀张、王、刘、李、赵五姓汉人。他还下令废止科举,禁止汉人、南人学蒙古、色目文字。
1340年(后至元六年)二月,伯颜侄脱脱得到惠宗支持,乘伯颜出外行猎,将他贬黜。惠宗起用脱脱当政。次年,改元至正,宣布"更化",恢复科举取士,开马禁,减盐额,修辽、金、宋三史,政治一度较为稳定。到脱脱第二次出任中书右丞相时,国库空虚,灾荒频仍。为解救危机,他变更钞法,拯救河患,但这些都未能缓和已全面激化的社会矛盾。元末阶级矛盾和民族矛盾的极端尖锐化,终于导致了元末农民起义。这次起义规模大,时间久,以红巾军为主力的农民起义军沉重打击了元朝在全国各地的统治,终于在1368年(至正二十八年)推翻了元王朝。