明代，女真族在东北地区兴起，1616年努尔哈赤统一女真诸部，建立大金国，史称后金。努尔哈赤及其继承者，对蒙古各部采用武力征服和政治招抚等手段，臣服内外蒙，征服卫拉特，在蒙古地区建立了一整套统治新秩序。
后金国是清朝的前身，努尔哈赤的儿子皇太极于1636年改国号为清。清代蒙古史(古代部分)可分如下三个时期：
第一时期：1606年--1635年，这一时期大约30年。蒙古部始称努尔哈赤为汗，后金国建立，科尔沁等部归附后金。
第二时期：1636年--1757年，这一时期约120年。蒙古各部逐步归附清廷，从战乱逐渐走向安定，使经济逐步恢复，并且有了发展。
第三时期：1758年--1840年，这一时期约80年。蒙古社会较为安定，多种经济逐步形成，同时清朝对蒙古地区的统治加强和巩固。
第二和第三两个时期，是清代蒙古史的重点；就其地域而言主要是内蒙古、外蒙古和新疆、青海等地区的蒙古各部落所居地区。
内外臣服与清朝——蒙古与后金
元明时期，蒙古与女真已有往来。元朝对居住于东北地区的女真人，实行设官管辖，随俗而治，并在该地区开辟驿站，实行屯田。努尔哈赤的先辈猛哥帖木儿即是元朝所辖一个万户的首领。
明代女真始分三大部，即建州女真、海西女真和"野人"女真，后又分为四部：建州部、长白部、扈伦部和东海部。他们居住于东北长白山、黑龙江、牡丹江、松花江流域及库页岛等地。历史上女真族与蒙古多有血缘关系，扈伦部所属叶赫、哈达和乌喇等部，均与蒙古有姻戚关系，建州女真与兀良哈入也有亲戚关系。女真族与蒙古地域相连，女真人与蒙古人，服饰相类，都善长骑马射箭，习于狩猎，有着密切的经济文化往来。他们在明廷开设的辽东广宁和开原马市上，常有贸易，交易马匹。在生活的实践中，女真人学会和使用蒙古语，一度使用蒙古文，后来在蒙古文的基础上创制了满文，语言文字的相通，为女真和蒙古之间的交往创造了方便条件。
十六世纪后期，女真部首领是努尔哈赤(1559-1626)，姓爱新觉罗(汉译金)。努尔哈赤时代，女真各部蜂起，皆称王争长，自1583年起，努尔哈赤开始统一女真内部的战争。扈伦四部之一的叶赫部，与努尔哈赤为首的建州部有矛盾，1593年叶赫部首领布寨 和纳林卜禄联合蒙古科尔沁部的瓮阿代、莽古思、明安等人及其所属锡伯、卦尔察、哈达、乌喇、辉发和满州长白山所属朱舍里路、纳殷路等九部兵三万人，进攻努尔哈赤，史称九部联军伐满洲。联军立阵于浑河北岸，努尔哈赤率军迎战于古培山。努尔哈赤采用集中兵力各个击破的战术，先战败叶赫，继之攻破哈达、乌喇等部，蒙古科尔沁部明安乘骑被陷，换骣马逃走。联军失败，努尔哈赤大胜，从此满洲威名大震。
努尔哈赤借着古埒山战役胜利之机，派俘获的科尔沁部入返回，做争取联络科尔沁部的工作。1594年，科尔沁部明安和内喀尔喀部老萨等，派遣使臣表示停战和好，科尔沁部向努尔哈赤献战马百匹、骆驼十峰，其中马六十匹、驼六峰送给努尔哈赤本人，其余分送努尔哈赤部下。这是蒙古科尔沁等部与满洲通好之始。不久内喀尔喀五部之一的巴约忒部的恩格德尔台吉归附努尔哈赤，并于1606年率内喀尔喀五部的使者向努尔哈赤进贡，为其进献尊号，称努尔哈赤为昆都仑汗，又称神武皇帝，这是蒙古部称努尔哈赤为汗的开始，从此蒙古部每年与女真部往来。
努尔哈赤对内统一女真诸部，对外又招抚蒙古科尔沁等部，在女真贵族的拥戴下于1616年建立后金国，建元天命，是为清太祖，定都赫图阿拉(今辽宁省新宾县西老城)，后改称兴京，这是满州贵族建立的独立于明王朝的新政权。努尔哈赤建立新政权后，对内巩固政权，对外争取联合蒙古，目的是入主中原，取代明朝。1621年迁都辽阳，称东京，1625年又迁都沈阳，1634年改称盛京。
内蒙古各部归附清朝
蒙古高原上的大漠，史称渤海，大漠以南为内蒙古。其地域东至吉林、黑龙江界，西临贺兰山阿拉善厄鲁特蒙古，南接陕西、山西和长城，北靠喀尔喀蒙古。内蒙古地区，东有嫩江流域的科尔沁部和西拉木伦河流域的巴林、扎鲁特、奈曼、翁牛特、喀喇沁和土默特等部；西有鄂尔多斯和归化城土默特；察哈尔部居中，林丹汗为蒙古诸部名义上的大汗。努尔哈赤及其继承者，为了入主中原取代明朝，对蒙古采取了政治联合和武力征服的策略。扩充后金国实力，不使蒙古倒向明朝。采取如下几个
步骤：
天命四年盟誓。天命四年(1619)十一月后金与内喀尔喀五部订立盟约，双方各派使臣参加，后金国使臣有雅希禅、希福等五人，蒙古使臣有杜棱洪巴图鲁、恩格德尔和奥巴等二十余人。双方使臣举行仪式，杀白马、黑牛，盟誓和好，合谋并立，遵守誓约，共同对付明朝。
致书林丹汗联合伐明。天命四年十月，努尔哈赤收到察哈尔林丹汗的使者康喀儿拜虎带来的信，书信主要内容：一是林丹汗自称四十万众蒙古国主。向水滨三万人的满洲国主努尔哈赤问安；二是表明察哈尔部联合后金国攻打明朝。第二年正月，努尔哈赤派使者硕色乌巴什复信往见林丹汗，明确表示满洲与蒙古服制相类，应联合伐明，指出明朝以重利拉拢察哈尔是因为后金要攻打明朝之故，表示愿与林丹汗"合谋"，"以伐深仇之明"(《清太祖实录》卷7)。同时信中也批驳了林丹汗自称四十万众之主的言论，告诫林丹汗不要忘记元朝是为明朝所推翻的事实，他哪里是四十万众之主。万众之主也称不上，以此坚定林丹汗与后金联合伐明的决心。
天命九年盟约。努尔哈赤为主攻明朝，一方面联合蒙古内喀尔喀五部，壮大自己力量，另一方面要防止察哈尔部的崛起，真正成为蒙古各部之主，为此要联合与察哈尔有矛盾的科尔沁部，利用蒙古内部的矛盾，使业已存在的与后金有往来关系的科尔沁部，通过盟约形式加以巩固。天命九年二月，努尔哈赤派遣使臣库尔禅和希福前往科尔沁部，与科尔沁部首领奥巴等会盟，双方订约：联合进攻察哈尔林丹汗，任何一方不毁约，不单独与察哈尔会盟。盟约对双方有利，科尔沁部借用努尔哈赤的力量是为了摆脱林丹汗的统治；努尔哈赤利用科尔沁对付察哈尔，以解除伐明的后顾之忧。
援助科尔沁，打败林丹汗。林丹汗为继承祖业，统一蒙古各部，力图恢复大汗在左右翼的权威统治。对内采取掠夺方式，夺取其叔祖代青贝勒所属石纳明安部落的属民和牲畜；对外攻伐蒙古各部，向科尔沁等部征兵括马，强索飞鹰和名马，使蒙古各部纷纷脱离察哈尔，投奔后金。天命十年林丹汗率兵进攻科尔沁；围奥巴所居格勒朱尔根城，奥巴向努尔哈赤告急，要求他履行盟约，出兵援助。努尔哈赤派其子皇太极选精骑五千驰援。林丹汗围城不克，又听到皇太极来援科尔沁，撤围城兵而走。奥巴因战察哈尔之功，努尔哈赤于天命十一年封奥巴为土谢图汗，是为科尔沁第一代土谢图汗。皇太极也曾于天聪二年(1628)与蒙古喀喇沁部盟誓，共同对付察哈尔。随着科尔沁部归附后金，自天命至天聪年间内蒙古的敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、喀刺沁以及鄂尔多斯、归化城土默特等部相继归附后金。
努尔哈赤死后，1626年九月皇太极即位，定明年改元天聪，是为清太宗。皇太极继承其父遗愿攻打察哈尔，追林丹汗至归化城，并占领了归化城，林丹"殂于西喇卫古尔部落打草摊地"。皇太极于天聪八年(1634)又获蒙右的玛哈噶喇佛像相传国玉玺，次年林丹汗的妻子苏泰哈屯率子额尔克孔果尔额哲和属部投奔后金。这样以林丹汗为代表的成吉思汗家族的统治宣告结束。
l636年四月皇太极在盛京召开大会，内蒙古十六部四十九名王公贵族与后金满蒙汉文武百官参加，以得佛像和传国玺为契机，实现其登极称帝的愿望。参加大会的内蒙古十六部有：察哈尔、科尔沁、扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯、敖汉、奈曼、巴林、土默特、扎鲁特、四子部落、阿鲁科尔沁、翁牛特、喀喇齐哩克、喀喇沁和乌喇特部等。察哈尔部的额尔克孔果尔额哲、科尔沁部的土谢图济农巴达礼和翁牛特部逊杜棱等参加大会。蒙古各部代表与满蒙汉各大臣，以满蒙汉三体表文上书，共推皇太极"博格达彻辰汗"即宽温仁圣皇帝，建国号为大清，改元崇德。会上对蒙古部王公台吉分别封以亲王、郡王等爵位和赐以达尔汉诺青等号。从此皇太极不仅是大清帝国的皇帝，而且也成为内蒙古各部封建贵族的汗王。
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