公元17-19世纪。公元1644年明朝灭亡，清兵入关，建立了清王朝。17世纪，顾实汗控制青海。1643年冬，李自成农民军贺锦部攻下西宁，翌年贺部从西宁撤走，顾实汗又乘机进驻西宁。1653年（清顺治10年），五世达赖赴京觐见顺治返藏途中，清政府派员赐给金册金印，从此，达赖的地位得到正式确认。同时又册封顾实汗为"遵行文义敏慧顾实汗"，赐金册金印，使顾实汗在青、藏的统治地位合法化。1713年（康熙53年）又册封后藏班禅喇嘛为"班禅额尔德尼"，也赐金册金印。清雍正初年，清政府平息顾实之孙和硕亲王罗布藏丹津事件后，于1752年（雍正3年），改西宁卫为府，设西宁县、碾伯县和大通卫。并设立钦差"总理青海蒙古番子事务大臣"，管理蒙古各扎萨克和果洛、玉树等藏族部落，其前哨设于今茫崖新镇，由驻西宁大臣直辖管理。这项措施为后来青海建省铺平了道路。罗布藏丹津事件后，清廷加强了对青海蒙、藏人民的统治，设蒙古29旗，划定藏族各部落25族牧地，使之卫不相属，并不得越渡黄河。咸丰末年，太平天国派人到陕甘联络回民，西北回民反清斗争爆发，撒拉族首领马尕三率众起义，乐都、西宁、大通、贵德、湟源等地纷纷响应，清廷派左宗棠率军镇压了起义。光绪初年，循化撒拉族中伊斯兰教发生新老教派之争，后发展成为撒拉族、回民的反清斗争。1911年，丹噶尔厅组成"黄表会"。这些起义虽被镇压，但这时清廷已气息奄奄了。由于清朝时期征收课税相当严重，青海农牧业生产无大建树，反而明显衰落。

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