珍珠唐卡

提到昌珠寺不得不提到它那声名远播的镇寺之宝——珍珠唐卡，是一件世界罕见的珍宝。这幅用珍珠串起成线条绘出的“观世音菩萨憩息图”（坚期木厄额松像），是元末明初的西藏帕莫竹巴王朝时期，由当时的乃东王的王后出资制成的。整幅唐卡长2米，宽1．2米，镶嵌珍珠共计29026颗，钻石一颗，红宝石二颗，蓝宝石一颗，紫宝石0．55两，绿松石0．91两（计185粒），黄金15．5克，珊瑚4.1两（计1997颗）。这幅价值连城的唐卡能保存至今，实属不易。

释迦牟尼唐卡

此外还有文成公主亲手绣制的释迦牟尼唐卡，它与珍珠唐卡均保存在大殿楼顶二层最靠后的一间房里，平时游客稀少时不开放，需要去找管钥匙的人将门打开。

跳神面具

昌珠寺内的跳神面具也十分精致漂亮，另外该寺还存有吐蕃时期的壁画，与墙壁上细腻的新绘壁画相映成趣。