公元1842年（清道光二十四年）7月24日，中英签订不平等的《南京条约》，香港岛被英国占领。公元1860年（清咸丰十年）1月11日，九龙半岛因《北京条约》而被迫割让给英国。公元1898年（清光绪二十四年）4月21日，清政府又与英国签订《展拓香港界址专条》，将新界租给英国99年。至此，原属新安县的3076平方公里土地中，有1055.61平方公里脱离其管辖，深圳与香港从此划境分治。公元1913年（民国三年），为避免与河南省新安县同名混淆，广东省新安县复称宝安县，县治仍在南头。抗日战争时期，南头沦陷，宝安县政府临时迁往东莞县。1953年，因深圳联接广九铁路，人口聚居较多，工商业兴旺，宝安县治东迁至距南头10公里外的深圳墟。