明初就有倭寇骚扰。明永乐（1403——1424年）以后，倭寇在中国沿海烧杀掳掠逐渐猖獗，并从东海移至南海一带。正德五年（1510年），明王朝派在东莞、大鹏两守御千户所之上设立了“备倭总兵府”，府署设在东莞守御千户所即今南头古城内。后“参将署”改为“南头寨”，驻地在今南头半岛的尖端处，下辖东至惠州碣石寨，中至香港地区，西至中山地区，卫戍着今整个深圳地区和沿珠江口，拥有大小战船50至100多艘，兵员1000至2000多人。隆庆元年（1567年）倭寇与海盗曾一度勾结攻入东莞守御千户所城，千户李茂材奋力抗击，追击倭寇至雷州港，因无援而战死疆场。隆庆五年（1571年）倭寇围攻大鹏守御千户所城，在万分危急中，舍人康寿柏挺身而出，率领军民浴血奋战40余天，迫使倭寇狼狈逃窜，写下了抗倭斗争史上光荣一页。