１７世纪初，一些欧洲国家由于重视发展工商业，逐渐强大起来，开始在全世界扩张侵略，渐渐地，它们的势力就到了亚洲。在印度尼西亚的巴达维亚（今雅加达）建立了经济掠夺机构荷兰东印度公司，这个公司拥有自己的武装力量，“韦麻郎”是殖民军的舰队司令。为了在中国海岸建立据点，明万历三十二年（１６０４年）七月，荷兰东印度公司的舰队来到台湾附近，向澎湖进攻。当时，中国驻守澎湖的水军只是春、秋两季派兵戌守澎湖，季节一过，就护回大陆。农历七月，正是春季戌兵撤回厦门的时间。于是，韦麻郎一伙乘虚而入，轻而易举地占领了澎湖。

　　韦麻郎侵占澎湖后，就派一个叫李锦的中国人加大陆活动。李锦是福建商人，在马来半岛做生意的时候，认识了韦麻郎。这次，他随荷兰舰队回到澎湖，为荷兰人奔走，干侵犯中国的事，自然是明朝法律所不允许的。因此，李锦搭乘渔船回到福建漳州时，只好谎称自己是被荷兰人抓走后逃回来的。

　　但是，荷兰舰队侵占澎湖，已被明朝的水军巡逻船发现了，并且报告了漳州地方官。所以，李锦一到漳州，就被抓了起来。因为没有掌握李锦勾结荷兰人的证据，不久，漳州地方官就把李锦放了，还让他去劝告韦麻郎撤离澎湖。

　　李锦回大陆活动没有成功，韦麻郎又派翻译林玉给漳州地方官送来一封信。信中扬言如果中国方面坚持不同意通商，他们就把军舰开到福建沿海来，用武力实现两国通商的目的。

　　消息传开，福建百姓议论纷纷，担心荷兰人走葡萄牙侵占香山澳（澳门）的老路，把澎湖变成他们的据点。因此，强烈要求把荷兰人赶走。同时，福建南路总兵官施德政也同新任巡抚徐学聚商量说：当初广东方面许葡萄牙人在香山澳通商，结果他们强占了香山澳，使广东地方不得安宁。如果再让荷兰人用通商作借口占据澎湖，危害就更大了。于是，他们就商量派前边说到的率军荡平倭寇的游击将军沈有容领兵，驱逐荷兰侵略军。