公园境内有十分丰富的动、植物资源，具有很高的科研、教育、旅游和实用价值。

公园内有维管植物184科，755属，1900种；常见的树种有杉木228种，灌木141种。有珍稀濒危国家级野生保护植物50种。其中属一级保护的有7种，种子植物6种。属二级保护的有31种，包括蕨类植物5种，种子植物26种。三级保护的有种子植物12种。

瓦屋山动物种类十分繁多。陆栖脊椎动物有425种，占全省的41%。其中两栖类有30种，爬行类35种，鸟类278种，兽类82种。属于中国特有种的共63种，其中两栖类23种；爬行类13种；鸟类13种；兽类14种。瓦屋山动物中有国家级重点保护的42种。其中属于国家一级保护的有6种；属于国家二级保护的有36种；省级重点保护的动物有13种。鱼类有8种，尤以雅鱼（鲤科裂腹鱼亚科）最富胜名。